Né le 1 er mars 1948 à Bordeaux, il a effectué toute sa scolarité au Collège Sainte Marie Grand-Lebrun. En 1965, il a été lauréat du Prix d’honneur de cette institution (Prix des Anciens Elèves). Après une khâgne au Lycée Michel Montaigne (lettres classiques), il obtient une maîtrise de philosophie à la Faculté des lettres de Bordeaux, une licence en droit et un diplôme d’études supérieures de science politique à la Faculté de droit ainsi que le diplôme de l’Institut d’Etudes Politiques de Bordeaux (promotion 1970). Il a parallèlement préparé une thèse de 3 e cycle portant sur le Mexique préhispanique à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes, qu’il a soutenue en 1973. Il a obtenu un doctorat d’Etat ès lettres à l’Université Paris V- Sorbonne en 1981.

Professeur de philosophie au Lycée français de Mexico à partir de 1973 au titre du service national, il entre en 1975 à l’Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales comme assistant de Jacques Soustelle. Il y est élu maître de conférences en 1977, avant d’être élu professeur invité au Collège de France (chaire des antiquités américaines) en 1979-1980. Directeur de la mission archéologique du Nord-Ouest du Mexique (Affaires Etrangères / CNRS / EHESS) de 1980 à 1988, il est nommé conseiller culturel, scientifique et de coopération successivement à l’Ambassade de France à Saint-Domingue, République Dominicaine, 1988-1991, puis à l’Ambassade de France à Mexico, 1994-1996. Devenu directeur d’études à l’EHESS en 1992, il est le premier recteur de l’académie de Guyane, 1996-2000, puis recteur de l’académie de La Réunion, 2002-2003.

Directeur depuis 2000 du Centre de recherche sur l’Amérique préhispanique (CeRAP), centre commun à l’EHESS et à l’Université Paris-Sorbonne (Paris IV), il a été membre de la Mission scientifique et technique au Ministère de l’enseignement supérieur, 1986-1988 ; membre du Comité National du CNRS, 1995-2000 ; chargé de mission auprès du Ministre de la recherche, 2003-2004 ; membre du Conseil scientifique du Pôle Amérique du Ministère des affaires étrangères, 2003-2008 ;membre du Conseil National des Universités, 2007-2011 ; membre de la Commission des fouilles du Ministère des affaires étrangères, 2004-2013.

Engagé dans une intense activité de coopération scientifique internationale, il a enseigné en France, mais aussi au Mexique et au Pérou. Il a dirigé plusieurs équipes de recherche dans le domaine de l’anthropologie, de l’archéologie préhispanique et de l’histoire de l’Amérique latine au XVI e siècle. Il a travaillé pour l’Unesco, a organisé plusieurs expositions, au Mexique, en France et en Allemagne. Il a été directeur des fouilles du site de Pañhu (Tecozautla, Hidalgo, Mexique) de 2006 à 2008, puis a pris la responsabilité des fouilles de Monte Albán, (Oaxaca,Mexique) en 2009. De 2012 à 2015, il a été co-directeur aux côtés de Markus Reindel du programme franco-allemand « Centre et périphérie : archéologie du territoire Paracas dans le sud du Pérou, 800-200 av. J.-C. » de l’Agence Nationale de la Recherche/ Deutsche Forschungsgemeinshaft (ANR/DFG). Depuis 2017, il est coordinateur du Coloquio Cervantino Internacional de Guanajuato, colloque littéraire annuel consacré à la littérature mexicaine des XVI e et XVII e siècles où interviennent des écrivains et des historiens.

Il a commencé à publier en 1975 (au Seuil, au Fondo de cultura económica, chez Fayard, Flammarion, Mondadori, Alfaguara, Grijalbo, Penguin Random House) et a collaboré à de nombreuses revues. Il a reçu le Prix du duc de Loubat de l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres en 1983 et le Prix Georges Goyau de l’Académie française en 1988. En 2019, son œuvre a été récompensée par le Prix Iberomamericano Asicom-Université d’Oviedo (Espagne). Il est chevalier de la Légion d’honneur et commandeur des Palmes académiques. Il a été élu en 2013 à l’Académie nationale d’histoire du Mexique.