Nacido el 1º de marzo de 1948 en Burdeos, Francia, cursó todos sus estudios secundarios en el Collège Sainte Marie Grand-Lebrun. En 1965, fue galardonado con el Premio de Honor de dicha institución (Premio de los Antiguos Alumnos). Después de sus estudios preparatorios para la Escuela Normal Superior en el Liceo Michel Montaigne (en letras clásicas), obtiene una maestría en filosofía por la Faculta de Letras de Burdeos, una licenciatura en derecho y un diploma de estudios superiores en ciencias políticas en la Faculta de Derecho, así como el diploma del Institut d’Études Politiques de Bordeaux (generación 1970). Paralelamente, preparó una tesis doctoral sobre México prehispánico en la École Pratique des Hautes Études, que defendió en 1973. Obtuvo un doctorado de estado en letras por la Université Paris V-Sorbonne en 1981.

En 1973 es nombrado profesor de filosofía en el Liceo Franco-Mexicano de la Ciudad de México. En 1975 ingresa en la École des Hautes Études en Sciences Sociales de Paris (EHESS) como asistente de Jacques Soustelle. En ella es electo maestro de conferencias en 1977, antes de ser electo profesor invitado en el Collège de France (cátedra de las antigüedades americanas) en 1979-1980. Director de la misión arqueológica del Noroeste de México (Affaires Etrangères / CNRS / EHESS) de 1980 a 1988, es nombrado Consejero Cultural, Científico y de Cooperación sucesivamente en la Embajada de Francia en Santo Domingo, República Dominicana (1988-1991) y en la Embajada de Francia en México (1994-1996).

Electo catedrático de la EHESS en 1992, fue el primer rector de la Academia de Guyana entre 1996 y 2000, para después fungir como rector de la Academia de la Reunión de 2002 a 2003.

Director desde el año 2000 del Centre de Recherche sur l’Amérique prehispanique (CeRAP), institución común de la EHESS y de la Université Paris-Sorbonne (Paris IV), fue miembro de la Misión Científica y Técnica en el Ministerio de la Enseñanza Superior de 1986 a 1988; miembro del Comité Nacional del CNRS de 1995 a 2000;  asesor del Ministro de la Investigación de 2003 a 2004; miembro del Consejo Científico del Área América del Ministerio de Relaciones Exteriores de 2003 a 2008; miembro del Consejo Nacional de las Universidades de 2007 a 2011 y miembro de la Comisión de Arqueologia del Ministerio de Relaciones Exteriores de 2004 a 2013, instituciones todas de Francia.

Comprometido en una intensa actividad de cooperación internacional, impartió clases en Francia, así como en México y en Perú. Dirigió varios equipos de investigación en antropología, en arqueología prehispánica y en historia de América Latina del siglo XVI. Ha colaborado con la Unesco y ha organizado varias exposiciones en México, Francia y Alemania. Fue director de las excavaciones del sitio Pañhu (en Tecozautla, Estado de Hidalgo, México) de 2006 a 2008 para luego encabezar la responsabilidad de las excavaciones de Monte Albán (Oaxaca, México)  de 2009 a 2019. De 2012 a 2015, fue codirector con Markus Reindel del programa franco-alemán “Centro y periferia: arqueología del territorio Paracas en el sur de Perú, 800-200 a.C.” de la Agence Nationale de la Recherche/ Deutsche Forschungsgemeinshaft (ANR/DFG).
Desde 2017, es coordinador del Coloquio Cervantino Internacional de Guanajuato, coloquio literario anual consagrado a la literatura mexicana de los siglos XVI y XVII en el que intervienen destacados escritores e historiadores.
Empezó a publicar en 1975 (en las editoriales Seuil, Fondo de Cultura Económica, Fayard, Flammarion, Mondadori, Alfaguara, Grijalbo, Penguin Random House) y ha colaborado con sus escritos en numerosas revistas.

Recibió el Premio del Duque de Loubat de l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres de Francia en 1983 y el Premio Georges Goyau de l’Académie française en 1988. En 2019, su obra fue recompensada por el Premio Iberomamericano Asicom-Université de Oviedo (España).

Es Caballero de la Legión de Honor y Comendador de las Palmas Académicas de Francia. Fue electo en 2013 como miembro de la Academia Nacional de Historia y Geografia de México